防水工事に関する質問|「太陽光パネルの設置工事について. . .」

いわゆる「アンカー方式」というもので太陽光パネルを取り付けるのではないでしょうか。
アンカー方式は、瓦をいったん取り外し、基礎となる木板？を固定し下地に凸みたいになった金具（金属板に棒状のものがくっついている感じですが、イメージできますでしょうか・・・）を取り付け、棒状のものに瓦の穴を通し、瓦を元の位置に戻して最後に瓦の穴を埋める、というものだと思います。
瓦の下から専用のフックが出る、というのは、いわゆる「支持金具式」というものだと思います。
こちらは、いったん瓦を取り外し、やはり下地に基礎となる木板を固定し、その上にフック状の金具を固定して瓦を戻すやり方だと思います。
金具と当たるところは瓦を削って防水加工して納めると思います。
こちらは決して古いわけではなく今でも普通に行われる一つの施工方法だと思います。
太陽光パネルの取り付け自体が新しいですからねぇ・・・質問者様の内容からすると太陽光パネルの取り付けとしては、いろいろある取り付け方のうちの一つなので、おかしな工法ではないと思います。
しかし、屋根工事の職人にしてみれば瓦に穴をあけるというのは雨漏れの心配があるというので、良心的な作業者は防水加工を念入りに行うようにしていると思います。
防水加工の詳細はわかりませんが、コーキング材で埋めることでしょうか。
屋根においてはコーキング材などゴム系の防水材を用いることはよくあり、一般的ではないかと思います。
くどくど長くなりましたが、結論としては問題のない工事だと思います。
しかし、工事をされる人の腕次第で雨漏れの有無が決まりますので、工事の最中に確認をしておく必要はあると思います。
それから、三州瓦でもいわゆる和瓦や波形の瓦であれば、穴の開ける位置を瓦の谷の部分ではなく山の部分（高くなっているところ）であるかも確認しておいた方がいいかもしれません。
的確に答えられたかはわかりませんが、参考意見としていただければありがたいです。