防水工事に関する質問|「集合マンションの屋上の防水工事. . .」

コンクリート構造物である事が大前提ですが防水の施工品質を向上させる意味では防水撤去→高圧洗浄という流れは不思議ではありません。
しかし防水性能を失った状態もしくは著しく低下させた状態で高圧洗浄する為に、二次的な漏水事故発生の可能性が高くなります。
撤去する場合は、撤去後に防水下地を確認してヒビ割れ等が無いかを確認します。
下地にヒビ割れが無ければ問題ありませんが、漏水している物件や年数の経過した建物はヒビ割れしている可能性が高くなります。
その際は高圧洗浄前にヒビ割れの処理（クラック補修）を施し、一定の防水性を保たせた状態で高圧洗浄すると理想的です。
撤去の単価ですが、防水の種類によって異なりますが1000/㎡は決して暴利な金額では無いと個人的には感じます。
特にアスファルト系の露出防水ともなれば防水層が厚く、撤去には手間がかかります。
逆にシート防水系の撤去でしたら比較的簡単になる場合もありますが、既存の防水仕様が明確でない限り正確な事は言えません。
高圧洗浄は後に塗膜系（ウレタン防水等）の防水を新設で施すのであれば撤去後の洗浄も十分に理解出来ます。
逆に新設の防水が『機械的固定工法』や『絶縁工法』という表記であれば別段、リスクを背負って高圧洗浄をすることも無いでしょう。