防水工事に関する質問|「はじめまして、飲食店を経営して. . .」

非常に難しい問題になりますので良違いには言えませんが、裁判に関しては最終的な手法であると思います。
まず、施工前に提案された見積り書や設計図において客観的に水漏れが予想される内容になっているか。
裁判を前提とした場合に面倒ではありますがご自身で相手側の不備を立証しなければいけません。
その為には第３者の建築士などに立ち会ってもらえると専門的な見地から判断できると思われます。
・防水処理等の項目が見積りや図面に記載されているのか。
（仮に防水工事の項目があれば保証に値する防水仕様になっているのか）・防水処理の予定が当初から無かった場合は事前に水漏れのリスク等の説明はあったか。
・営業的な実質の損害はあったか。
（厨房近くの席は常に使用禁止にしている為、客席数が減ってしまう事、また臭気による客からの苦情等）上記の事実等を踏まえた上で先方と交渉してみては如何でしょう。
こちら側は『損害賠償も含めて裁判の準備がある』としたうえで、裁判になれば手間がかかりお互いに時間を取られる事から示談への切り口として話されては如何でしょうか。
この手の話を交渉する場合は相手の同意を得て音声を録音させてもらうといいでしょう。
（後に言った言わないが出ると面倒なので）損害賠償等の算出は一度弁護士さん等にもご相談が必要でしょうが、示談を取り付ける目的ならご自身の有る一定の根拠をもった概算でも差支えないと思います。
最終的には損害賠償は請求しないので工事費の負担や工事を請け負って修繕をしてもらう事で折り合ってみては如何でしょう？工事に関して信用が無い場合はご自身で業者を探して施工元と修繕業者の間で注文書を発行させる契約になると思います。
もしくは見積り額相当を事前施工元からに入金してもらい新しい業者の支払いに回す事も考えられます。
示談の取り交わし際でも第三者（弁護士等）の立会が理想です。
施工元は恐らく店舗専門に施工される会社では無いでしょうか？個人的な偏見かもしれませんがゼネコンと比較してもそういった会社はデザインやコンセプト、施工期間に重きを置く為、施工の機能やリスクに関して疎かになってしまう会社も少なくはありません。