防水工事に関する質問|「家の雨漏れの修理をどこに頼もう. . .」

３Ｆ造りの２Ｆ窓サッシと言う事であれば屋根や軒といった心配は無いと思います。
現地を確認してないので断定はできませんがサッシと外壁の取合い部分からの漏水のようですね。
通常はサッシ枠に対し外壁材が覆いかぶさるように施工し、サッシ枠廻りは新築時に防水テープ等で水の浸入を防いでいます。
補修方法としてはコストにもよりますが取合い部分にコーキングで処理する工法が低価格で無難だと思います。
基本的にコーキングは１０年程度しか性能を維持出来ないので完全な補修とは言えませんが、安価な作業の為、それで様子を見ると言う事でも良いと思います。
お話を伺う限りでは決して「欠陥住宅」という結論に至る情報では無いと思います。
また外壁材に対しては防水・漏水に対する保証といった概念が無いのも実情です（一部例外はありますが）あと防水屋さんの事についてですが、一般的に建物のどの部分から漏水しても総合防水工事業者なら調査は可能です。
工務店と仰る方もいますが、工務店の場合は結局、防水屋と外壁・板金屋などに声を掛け調査させます。
工務店が単独で漏水調査出来る企業は全国的に見ても稀だと言えます。
何れにしても全体的に工事を行う必要は無いと思います。
調査の報告を受けてご自身で客観的に判断されると良いと思います。
個人的な意見ですが業者の善し悪しを調べる場合はご自身で工事の必要の無いと思える部分（外壁や屋根の葺き替え等）を「そろそろダメになってきたかな～？」と言ってみてください。
売上第一と言う会社なら、まともな調査もせずに見積りを出したがります。
しかし顧客満足度を重視する会社は調査をして、必要の無い工事は「現段階では必要ない」と言ってくれます。
また見積りを様々なプランを用意してくれる業者も好ましいと思います。